《最高指挥官2》游戏设定于终极战争结束后25 年，刚当选的防御同盟总统却遭到暗杀，使得原本恢复和平的宇宙再度爆发冲突，三大势力赛伯安民族、万世皇族和联合地球联盟交相指责，战争迫在眉睫。
Gas Powered Games 表示，新一代《最高指挥官》具有多种强化的游戏内容，深度的战役模式、支援线上多人对战与独特的故事线，希望开创即时策略游戏的新面向。
《最高指挥官2》具有大规模的激烈战斗，玩家在游戏中将可发动战争、配置自己专属的军队，体验未来的武器与机器人，玩家的战略将可能影响各势力间的平衡。 Gas Powered Games 指出，玩家将扮演三大势力之一的指挥官，分别为赛伯安民族、万世皇族和联合地球联盟，卷入这充满冲突的星际战争中，每一个势力都有其丰富、独特的故事，丰富了即时策略类型游戏的故事性。
Gas Powered Games 表示，玩家可以探索角色导向的单人战役，每个战役将提供18 个任务，当然也可以连线使用多人模式，与来自各地的玩家尽情开战。游戏强调大规模的战斗，玩家将在庞大的领土开战，不管是陆军、海军、空军都将带来壮观的视觉感受，同时游戏在PC、Xbox 360 平台上提供进化的即时策略操控模式。
游戏相当强调未来单位的设计，玩家可以感受新武器、新科技的魅力，并且将这些这些未来单位部署在战场上，例如让原本普通的坦克进化升级为高战斗力、对空坦克等多用途战斗单位。玩家甚至可以在特定时刻部署实验性战争武器，有机会扭转战局。
