《水晶之魂中文版》游戏中数世之前，魔王耶罗盗取了天界圣物——时空水晶，天帅瑞麒麟率青龙、朱雀、白鹿、乌骢四神使将众妖打散，耶罗利用时空水晶逃进了时空缝隙。一时间天下生灵涂炭，芸芸众生如坠万劫之渊。然而，白鹿使的顽劣无意间让耶罗打开了魔厣之眼，使其在任何生物都无法生存的时空缝隙中寻到了修炼镇天魔功的圣地——修罗洞。
游戏中转世为民女瑞晴儿的朱雀使奉天命寻回了当年被贬往现代社会的青龙使。怯懦的冷赋不愿再作英勇的青龙使，他要回去，回到现代社会中与他青梅竹马的少女天琪身边。此时的青龙使已不再是天庭正气凛然的神使之首，而成了一个擅长搏击术，才情横溢却又整天吊儿郎当的“超级混世宝”——冷赋！哟西中身处危机四伏的丰佑大地，他不得不顺从瑞麒麟的安排，为了重返现代社会，冷赋与瑞晴儿一起踏上了寻找水晶的艰难之路……
故事背景：
一、神佑村
现时社会的青年冷赋在打胜一场搏击回家的途中，被一有神力的女子晴儿带到遥远的过去。四周转转，可找到宝箱。来到神佑村，见到瑞三公，得知自己很久以前是天庭四神使之一青龙使，晴儿是朱雀使，奉天王之命将自己召回，以对付即将出世的魔王耶罗。自己不能接受这个事实，只想回到现实社会，瑞三公说只要找到时空水晶才能回去。
二、南殷城
在城中转转（有钱的话可以去换换装备），到布店换身衣服，免得被古人把自己当成妖怪。在府衙门口听人议论岭阳城出了妖怪，到酒楼吃点东西（进去后出来会出现对话才行），如果缺钱，可以同客人押大小，什么意思？还用我说，就是赢了就存盘，输了就读盘呗。到客栈晴儿会说今天先休息，明天去找打铁铺老板。第二天，去打铁铺，原来老板也是仙界中人，得到缠虬洞地图后，先到城中武馆学习武功，然后向西出城，在缠虬洞中遇到铸剑师薛剑沐，但未找到水晶，回到南殷城，往西南方出城，在码头出高价钱让船夫送自己一行过河。在薛剑沐家，第二天，薛剑沐说要外出，将女儿果果交给冷赋照看，外出到处走走，升升级，回到小屋里，好象一定要走到饭桌左边才会出现对话，于是休息。半夜听到果果惊叫，追出发现虎精，虎精逃走，晴儿去追，回来说发现虎精逃进岭阳城府衙。但果果已死，冷赋万分难过和愧疚，发誓要杀掉虎精。
三、岭阳城
城中妖雾弥漫，在府衙询问府衙大人后出来，感觉府衙内的情形很奇怪，又转到武馆去学习更高一级的武功，转了半天也累了，到客栈去休息一晚。第二天起来发现晴儿不见了，到府衙去问问，可是进不去，正不知如何是好，有人（不知是乌骢使）告诉冷赋晴儿被困在府内密室，密室有出口通往府内柴房和城外墓地。赶紧到城外往上找到墓地，看见了洞口，咦？怎么进不去，原来这不是密道入口，入口在墓地中央这个大坟墓边，肉眼看不出来，用鼠标狂点坟墓左下边缘（我就是在此已经决定放弃这个游戏了，第二天不甘心又试了几次才无意中点出来的），进入密室，找到晴儿，原来这都是魔界驭咒使韦平搞的鬼，打跑韦平，解除府衙大人的魔咒，然后冷赋对晴儿说要回去看看果果。回到薛剑沐家，在屋后果果坟前，我冷赋对果果说已经为她报了仇。
四、景天镇
在墓地下方往右，来到景天镇，在酒楼附近，晴儿发现乌骢使留下的记号，于是出镇前往黑津渡，镇外遇见晴儿的侍女，说乌骢使在黑津渡与妖魔大战，晴儿恐其有失，先走。冷赋与一侍女随后赶去。途中冷赋遇见了在现实社会的女友安琪，原来她就是四神使之一的白鹿使，也被召回共同消灭魔王。在黑津渡武馆院内见到晴儿和受伤的乌骢使司马晟。
五、水晶岛
从黑津渡东南方的码头上船，船行至海面，水中魔怪（忘了名字）出现，打翻了船，在水中打败魔怪，向右出海面上岸来到水晶岛。往东出岛，先往上走来到高涯，前方就是神庙，但过不去，只好另想它法，回头向右行，来到神庙村，见到金灵子，金灵子说只有岩玑的冰玉才可通过，于是来到村外，在塔中见到岩玑，得到冰玉，再回到高涯，使用冰玉后，冰雪冻结成冰梯，众人通过来到神庙内地下的神械库，战胜自我后，得到水晶和神械。
六、云谷山
在返回景天镇的途中，出了黑津渡，途经云谷山（向上回景天镇），发现谷中山洞口情况异常，于是进去一探究竟，原来是岩玑在修练御神石，在与髯蛇君的战斗中，安琪、冷赋中毒。于是晴儿带冷赋回到神庙村，在上方的小屋内找到金灵子，又说要找灵猿仙，又从村子东南方出来，来到灵猿阵，如果前面注意金灵子说的话，就知道往哪侧上山了，一路打上去，进洞出洞，宝箱里有好东东，在山上见到灵猿仙后，一同回到云谷山山洞。灵猿仙用晴儿的神髓和髯蛇君的神髓救活安琪。
七、凤鸣山
从景天镇的东南方出来到了凤鸣山，见到晴儿的两侍女，由她们引去见瑞三公，此时魔王耶罗也将众妖集结凤鸣山，瑞三公让冷赋和安琪上山引诱耶罗发功，安琪欲趁耶罗不备之际射瞎其魔眼，可有乌金神盔法力保护，未成功。回来述说后众人一致认为应先盗取神盔。于是经过一番策划，联合行动，终于夺取神盔。先打倒韦平，如果等级够高，合四人之力，几个回合的“龙啸九天”就可将其了结。一路打上山，在耶罗殿外将耶罗打败。
八、魔界
从耶罗殿内的时空隙来到魔界，找到耶罗，再次将他打败，然后岩玑出现，临死一番哀求无效后使用御神石，这时四神使突然感觉一下失去了神力，无奈这下，冷赋只得乱翻牛仔包，什么手电，打火机，钢笔，MP3，一古脑向耶罗扔去都不起作用，最后翻出水晶掷向耶罗，奇迹出现，水晶焕发出神力将耶罗镇住，四人再一起动手，将耶罗打倒，耶罗垂死挣扎，企图使用最后一招“自挖魔心”，众人一见大惊，安琪上前将耶罗的魔心紧紧抱住，一阵剧痛，安琪变成了一只没有思想的白鹿，耶罗的魔息也彻底消亡。
